Od 1. 9. 2022 výuka na škole probíhá podle Školního vzdělávacího programu Gymnázia Na Pražačce 2022, inovovaného v souladu se změnami RVP ZV. Výuka podle upraveného ŠVP probíhá v primách a postupně bude nabíhat do vyšších ročníků.
Od 1. 9. 2015 výuka na škole probíhá podle Školního vzdělávacího programu Gymnázia Na Pražačce. Podle tohoto ŠVP se od 1. 9. 2023 učí ročníky tercie až sexta.