Od 1. 9. 2024 výuka na škole probíhá podle Školního vzdělávacího programu Gymnázia Na Pražačce 2024, inovovaného v souladu s proběhlými změnami RVP ZV.
Od 1. 9. 2015 výuka na škole probíhala podle Školního vzdělávacího programu Gymnázia Na Pražačce. Podle tohoto ŠVP se od 1. 9. 2025 učí ročníky kvinta a sexta.